广东快乐十分怎么买:簡化基因組測序

广东快乐十分4个号 www.wfsmjl.com.cn 簡化基因組測序服務包含兩種類型建庫測序策略,分別為RAD(restriction association site DNA)測序和GBS(genotyping by sequencing),兩種方法各有優勢。前者可以通過對測序數據進行拼接來提高獲得更長的序列信息,從而引用SSR標記開發、引物設計等。而后者由于簡化了建庫的步驟,是一種性價比更高的基于測序進行基因分型的策略。

應用領域

遺傳圖譜構建及QTL定位
群體遺傳學分析
局部組裝及新分子標記開發

技術路線

分析內容

1. 標準信息分析
   a)  測序數據基本分析
   b)  個體RAD/GBS tag聚類及統計
   c)  群體RAD/GBS tag 聚類
   d) SNP及Indel檢測

2. 高級信息分析
   a)  飽和度分析
   b)  Contigs組裝(利用Paire-end read 的read2)
   c)  利用Contigs檢測SNP,Indel及SSR,并進行PCR引物設計
   d)  群體變異頻率統計(為后續大群體驗證挑選標記提供參考)
   e)  群體進化樹分析
   f)   群體結構分析(利用Structure軟件分析群體間的可能基因交流)
   g)  群體主成分分析(分析群體聚類關系)
   h)  遺傳圖譜構建及QTL分析
   i )  遺傳圖譜整合(需提供同一作圖群體原圖譜數據)

樣品要求

1. 樣品類型:DNA 樣品;無降解或輕微降解;無污染。
2. 樣品需求量(單次):每次樣品制備需要1ug 樣品,如果需要多次制備樣品,則需要樣品總量=制備樣品次數*1 ug;
3. 樣品濃度:≥25 ng/μl,推薦濃度為100~200 ng/μl;
4. 推薦樣本大?。鶴喲鎏迨?ge; 100;

項目周期

標準流程的運轉周期約為45 個工作日。

參考文獻

  1.  Miller MR, Dunham JP, Amores A, Cresko WA, & Johnson EA (2007) Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD) markers. Genome research 17(2):240-248.
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  3. Hohenlohe PA, Amish SJ, Catchen JM, Allendorf FW, & Luikart G (2011) Next-generation RAD sequencing identifies thousands of SNPs for assessing hybridization between rainbow and westslope cutthroat trout. Molecular ecology resources 11 Suppl 1:117-122.
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  5.  Ward JA, et al. (2013) Saturated linkage map construction in Rubus idaeus using genotyping by sequencing and genome-independent imputation. BMC genomics 14:2.