广东快乐十分外围技巧:BSA性狀定位

广东快乐十分4个号 www.wfsmjl.com.cn 混合分組分析(Bulked-Segregant Analysis, BSA),又叫QTL-seq,用于質量性狀或有主效基因的數量性狀的基因定位,在遺傳育種方面具有廣泛的應用。選擇兩個性狀差異較大的親本進行雜交,對性狀表型極端的子代進行DNA混池測序。通過計算兩個混池基因型頻率的差值,確定與性狀相關的QTL所在的區域。進一步結合該區間的編碼基因的突變信息,可以確定控制性狀的候選基因以及候選功能突變。

應用領域
質量性狀或有主效基因的數量性狀(例如,植物抗病性)的基因初定位
單一性狀的研究

技術路線

分析內容
1.測序數據質量評估 (堿基組成分布等)

2.原始數據過濾,去除含接頭reads、低質量reads

3.與參考基因組比對

3.1比對基因組統計
3.2插入片段統計
3.3基因覆蓋度分析
3.4測序深度分析

4.SNP分析統計
4.1SNP 檢測
4.2SNP位置和功能注釋
4.3SNP轉換和顛換信息統計
4.4SNP雜合信息統計

5.InDel 分析統計
5.1InDel 檢測
5.2InDel 位置和功能注釋
5.3InDel雜合信息統計

6. BSA分析
6.1親本間多態性比較
6.2子代SNP頻數分析(SNP index和 ΔSNP index計算)
6.3目標性狀相關區域定位
6.4目標區域候選基因分析

樣品要求
樣品濃度≥30ng/uL;總量≥6 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0

項目周期
標準流程完成時間為50個工作日(視具體樣本數決定)。

參考文獻
Xue H, Shi T, Wang F, et al. Interval mapping for red/green skin color in Asian pears using a modified QTL-seq method[J]. Horticulture research, 2017, 4: 17053.
Chen Q, Song J, Du W P, et al. Identification, Mapping, and Molecular Marker Development for Rgsr8. 1: A New Quantitative Trait Locus Conferring Resistance to Gibberella Stalk Rot in Maize (Zea mays L.)[J]. Frontiers in plant science, 2017, 8: 1355.
Watanabe S, Tsukamoto C, Oshita T, et al. Identification of quantitative trait loci for flowering time by a combination of restriction site–associated DNA sequencing and bulked segregant analysis in soybean[J]. Breeding science, 2017, 67(3): 277-285.