广东快乐十分外围投注:真核有參轉錄組

广东快乐十分4个号 www.wfsmjl.com.cn 轉錄組是指某個物種特定細胞或組織在某一狀態下所轉錄出來產生的所有轉錄本的集合。對真核有參生物進行轉錄組測序,既可定量測定每個轉錄本在生長過程中和不同的條件下的表達水平的變化,還可以對基因結構進行分析,研究SNP、可變剪切、基因結構優化等信息。通過新一代高通量測序,能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或者器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。

應用領域
基因表達水平研究
基因結構水平研究

技術路線

分析內容

標準信息分析
(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)
1.測序質量評估與原始數據過濾,去除接頭序列及低質量reads
2.比對參考基因組或參考基因序列
3.測序與比對評估(數據比對統計,測序飽和度分析,測序隨機性分析)
4.基因表達統計(基因覆蓋度,表達量,表達量豐度分布)
5.新基因的轉錄本預測及注釋(需有參考基因組)
6.樣本關系分析(主成分分析(PCA)、相關性檢驗、樣本聚類圖)
7.差異表達基因分析(兩個或兩個以上樣品)

7.1差異表達基因篩選
7.2差異基因散點圖與火山圖
7.3差異基因表達模式聚類分析(熱圖)
7.4差異基因GO功能顯著性富集分析
7.5差異基因Pathway顯著性富集分析

高級信息分析
1. SNP分析
2. 基因結構優化(需有參考基因組)
3. 基因可變剪切鑒定(需有參考基因組)

樣本要求
樣品需求:總量≥5μg,濃度≥ 100 ng/μl
樣品純度:動物樣品, RIN ≥7, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0;
樣品請置于1.5 ml管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管,干冰運輸。

項目周期
標準流程完成時間為35個工作日

參考文獻
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