广东快乐十分五码遗漏:有參三代全長轉錄組測序

广东快乐十分4个号 www.wfsmjl.com.cn 完整的轉錄本包括了從5’端到3’端polyA尾的序列,長度集中分布在1-6kb。二代測序技術由于讀長較短,得到的測序片段需要拼接,得到的轉錄本可能會產生拼接錯誤和較多的嵌合體,從而不能得到完整的轉錄本。第三代測序技術Pacbio利用單分子實時測序技術(SMRT),由于其超長的讀長(平均15kb),無需拼接即可直接獲取完整的全長轉錄本,因此可得到更高質量的轉錄本,有利于mRNA結構的研究,如可變剪切、融合基因、等位基因表達等。因此,全長轉錄本的研究越來越熱門,發表的文章影響因子也比簡單用二代測序RNA-seq要高。

目前第三代測序儀器最主要是美國太平洋生物技術公司( Pacific Biosciences)的RS II和Sequel。Sequel也是基于單分子實時測序技術的最新測序平臺,其數據產出比RS II提高了約7倍,測序成本更低、項目周期更短。

利用Pacbio三代測序儀進行全長轉錄組的測序有以下優勢:
1.超長讀長:讀長最長可達到約80kb,平均8~15kb,輕松解決二代測序所不能解決的重復序列問題;
2.通量高:RS II平臺一個SMRT cell可產生約0.5~1Gb數據,而Sequel平臺一個SMRT cell可產生5~10Gb數據;
3.無GC偏好性:
4.直接檢測堿基修飾:可直接檢測各種類型的DNA甲基化。

應用領域
完善物種基因組注釋
不同實驗處理后引起的可變剪切事件變化
轉錄后調控機制研究,如可變多聚腺苷酸化
癌癥發生中的融合基因研究
更準確的定量分析

技術路線

分析內容
1. 標準信息分析

1.1 原始測序數據統計及質控

1.2 Reads分類

1.3 Reads聚類和校正

1.4 全長isoform數據統計

1.5 比對參考基因組

1.6 新轉錄本預測

1.7 新轉錄本功能注釋
1.7.1 Nr注釋
1.7.2 GO功能注釋
1.7.3 KEGG代謝通路注釋
1.7.4 SwissProt蛋白注釋

1.8 基因結構分析
1.8.1 lncRNA分析
1.8.2 可變剪切分析
1.8.3 可變多聚腺苷酸化分析
1.8.4 融合基因分析
1.8.5 SNP/InDel分析
1.8.6 開放閱讀框分析
1.8.7 轉錄因子分析
1.8.8 基因結構優化

2. 定制化信息分析
2.1 二代數據校正三代數據(需有Illumina數據)
2.2 基因定量及差異表達分析(需有Illumina數據)
2.3 多組學關聯分析(如甲基化、蛋白組、miRNA)

樣本要求
膠圖檢測:條帶清晰,無明顯降解,無DNA污染
2100檢測:RIN值≥7.5,基線平整,200-1200bp 無峰帶;總量≥10ug(兩次建庫);濃度≥300ng/ul
OD260/280:1.6~2.2,OD260/230:1.4~2.5

項目周期
標準流程的運轉周期約為55個工作日。

參考文獻
Wang B , Tseng E , Regulski M , et al. Unveiling the complexity of the maize transcriptome by single-molecule long-read sequencing[J]. Nature Communications, 2016, 7:11708.
Li Y , Dai C , Hu C , et al. Global identification of alternative splicing via comparative analysis of SMRT- and Illumina-based RNA-seq in strawberry[J]. The Plant Journal, 2017, 90(1):164-176.
Identification of a novel fusion transcript between human relaxin-1 (RLN1) and human relaxin-2 (RLN2) in prostate cancer[J]. Molecular and Cellular Endocrinology, 2016, 420:159-168.