广东快乐十分前三直选:Smart-seq2 單細胞轉錄組測序

广东快乐十分4个号 www.wfsmjl.com.cn Smart-seq2 單細胞轉錄組測序通過 SMART 擴增技術對單個細胞中的 mRNA 進行逆轉錄和 PCR 擴增,結合轉座酶建庫技術,最終使用高通量測序手段,對單細胞中 mRNA 進行基因表達定量、功能富集、代謝通路等分析。它可以解決傳統 RNA 定量技術在早期胚胎發育、干細胞、癌癥、免疫等研究領域中存在的樣品量極低或細胞異質性的問題,是在單細胞水平研究基因表達強有力的工具,極大地拓展了RNA-Seq 的應用范圍。

應用領域
單個細胞樣本全轉錄本信息獲取
基因注釋及篩選
基因結構分析

技術路線

分析內容
標準信息分析
(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)
1.測序質量評估與原始數據過濾,去除接頭序列及低質量reads
2.比對參考基因組或參考基因序列
3.測序與比對評估: 數據比對統計,測序飽和度分析,測序隨機性分析
4.基因表達統計:基因覆蓋度,表達量,表達量豐度分布
5.新基因的轉錄本預測及注釋(需有參考基因組)
6.樣本關系分析:主成分分析(PCA)、相關性檢驗、樣本聚類圖
7.差異表達基因分析(兩個或兩個以上樣品): 差異表達基因篩選、差異基因表達模式聚類分析(熱圖)、差異基因GO功能顯著性富集分析、差異基因Pathway顯著性富集分析

高級信息分析
1.  SNP分析
2. 基因結構優化(需有參考基因組)
3. 基因可變剪切鑒定(需有參考基因組)

定制化信息分析 (請選擇需要分析內容)
1. 基因表達趨勢分析(需要三個或以上有處理梯度的樣品):利用STEM軟件將基因按照表達模式分為不同的趨勢、各趨勢基因的GO/KEGG功能富集分析、特定基因集聚類分析
2. 權重基因共表達網絡分析(WGCNA)(至少15個樣本)、根據基因表達模式進行??榛?、樣本表達模式分析、??榛蟣澩錟J椒治?、性狀-??橄喙匭苑治?、各??榛虻腉O/KEGG功能富集分析、基因間調控關系網絡圖

樣品要求
1.真核生物,mRNA具有poly-A結構。
     細胞:推薦1-500個單細胞(可檢測1-10000個);
     微量RNA: 10 pg-100ng純化后的帶poly A序列的總RNA;
2.RNA質量:一般要求28S/18S≥1,RIN≥7,濃度>50pg/uL。

項目周期
標準流程完成時間為50個工作日。

參考文獻
Picelli S, Faridani O R, Björklund Å K, et al. Full-length RNA-seq from single cells using Smart-seq2[J]. Nature protocols, 2014, 9(1): 171.
Yan L, Yang M, Guo H, et al. Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells[J]. Nature structural & molecular biology, 2013, 20(9): 1131.
Usoskin D, Furlan A, Islam S, et al. Unbiased classification of sensory neuron types by large-scale single-cell RNA sequencing[J]. Nature neuroscience, 2015, 18(1): 145. Björklund Å K, Forkel M, [4] Picelli S, et al. The heterogeneity of human CD127+ innate lymphoid cells revealed by single-cell RNA sequencing[J]. Nature immunology, 2016, 17(4): 451.