广东快乐十分钟:10x Gennomics 單細胞免疫組庫測序

广东快乐十分4个号 www.wfsmjl.com.cn 又稱10x單細胞V(D)J測序,指通過特異性提取富集T/B細胞TCR/BCR區域RNA,通過比對、拼接、篩選、注釋等構建免疫組庫,分析得到TCR/BCR多樣性序列,從而獲得機體的免疫特征。

利用微流控芯片制備單細胞體系;選擇5'端接頭的通用引物和免疫分子恒定區的巢式引物進行V(D)J富集;實現成對的重鏈和輕鏈(B 細胞)或 α 和 β 鏈(T 細胞)的V(D)J全長測序。

應用領域
免疫生物學;
腫瘤免疫治療;
輔助抗體/疫苗研究;
免疫系統疾病研究;
移植和免疫重建

技術路線

分析內容
標準信息分析
(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)
1.測序數據統計與評估
2.比對與注釋:樣本基本信息結果統計、樣本contig注釋信息結果統計、樣本consensus注釋信息結果統計
3.Clonotype分型
4.特征分析、CDR3特征分析、V/J基因特征分析、V-J paired特征分析
5.多樣本分析:樣本間Clonotypes比較、Overlapping Clonotype聚類分析、Overlapping Clonotype差異分析

定制化信息分析
和10x Genomics 5’轉錄組關聯分析

樣品要求
樣品類型:新鮮人或小鼠細胞懸液、血液(全血、PBMC等)、凍存細胞懸液。
細胞來源:血液提取、磁珠富集、流式分選、組織解離、冷凍保存;
細胞大?。盒∮?0μm;
樣品總量:細胞懸浮液,一個樣本細胞起始量約1x105個;
樣品濃度:最低濃度不低于1x103 cells/µL;
質量要求:細胞活性大于90%,理想濃度1000個/μL(500~2000個/μl);
細胞培養基及緩沖液不能含有Ca2+和Mg2+等影響酶活性的物質。

項目周期
標準流程完成時間為50個工作日。

參考文獻
Azizi E, Carr A J, Plitas G, et al. Single-cell map of diverse immune phenotypes in the breast tumor microenvironment[J]. Cell, 2018, 174(5): 1293-1308. e36.
Guo X, Zhang Y, Zheng L, et al. Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing[J]. Nature Medicine, 2018, 24(7): 978.
Zemmour D, Zilionis R, Kiner E, et al. Single-cell gene expression reveals a landscape of regulatory T cell phenotypes shaped by the TCR[J]. Nature immunology, 2018, 19(3): 291.
Paulson K G, Voillet V, McAfee M S, et al. Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA[J]. Nature communications, 2018, 9(1): 3868.